Intracranial hemorrhage segmentation using neural network and Riesz fractional order derivative-based texture enhancement

dc.citation.epage16
dc.citation.issue1
dc.citation.journalTitleКомп’ютерні системи проектування. Теорія і практика
dc.citation.spage1
dc.contributor.affiliationЛьвівський національний університет імені Івана Франка
dc.contributor.affiliationНаціональний університет “Львівська політехніка”
dc.contributor.affiliationIvan Franko National University of Lviv
dc.contributor.affiliationLviv Polytechnic National University
dc.contributor.authorМанохін, Денис
dc.contributor.authorСоколовський, Ярослав
dc.contributor.authorManokhin, Denys
dc.contributor.authorSokolovskyy, Yaroslav
dc.coverage.placenameЛьвів
dc.coverage.placenameLviv
dc.date.accessioned2025-03-11T09:52:31Z
dc.date.created2024-02-27
dc.date.issued2024-02-27
dc.description.abstractУ статті досліджується застосування архітектури U-Net для сегментації внутрішньочерепних крововиливів, зосереджуючись на підвищенні точності сегментації шляхом включення методів покращення текстури на основі похідних дробового порядку Ріса. Дослідження починається з проведення огляду суміжних робіт у галузі сегментації комп’ютерної томографії (КТ). На цьому етапі також вибирається відповідний набір даних. Спочатку він використовувався для навчання U-Net, однієї з широко поширених моделей глибокого навчання в області сегментації медичних зображень. Навчання здійснюється за паралельним алгоритмом на основі технології CUDA. Отримані результати порівнюють із встановленою базовою моделлю для цього набору даних, оцінюючи точність сегментації за допомогою коефіцієнтів Жаккара та Дайса. Згодом досліджується техніка покращення текстури, заснована на дробових похідних Ріса, і застосована до зображень комп’ютерної томографії з вибраного набору даних. Ця техніка спрямована на захоплення дрібніших деталей і тонких текстур, які можуть сприяти підвищенню точності сегментації. Потім модель U-Net перенавчається та перевіряється на зображеннях із покращеною текстурою, а результати експерименту аналізуються. Дослідження виявило помітне підвищення точності, обгрунтованого за допомогою коефіцієнтів Жаккара та Дайса. Це демонструює потенціал запропонованої методики покращення текстури для уточнення сегментації внутрішньочерепного крововиливу.
dc.description.abstractThis paper explores the application of the U-Net architecture for intracranial hemorrhage segmentation, with a focus on enhancing segmentation accuracy through the incorporation of texture enhancement techniques based on the Riesz fractional order derivatives. The study begins by conducting a review of related works in the field of computed tomography (CT) scan segmentation. At this stage also a suitable dataset is selected. Initially it is used to train the UNet, one of the widely adopted deep learning models in the field of medical image segmentation. Training is performed using parallel algorithm based on CUDA technology. The obtained results are compared with the established baseline for this dataset, assessing segmentation accuracy using the Jaccard and Dice coefficients. Subsequently, the study investigates a texture enhancement technique based on the Riesz fractional order derivatives, applied to the CT-scan images from the dataset. This technique aims to capture finer details and subtle textures that may contribute to improved segmentation accuracy. The U-Net model is then retrained and validated on the texture-enhanced images, and the experimental results are analyzed. The study reveals a modest yet notable enhancement in accuracy, as measured by the Jaccard and Dice coefficients, demonstrating the potential of the proposed texture enhancement technique in refining intracranial hemorrhage segmentation.
dc.format.extent1-16
dc.format.pages16
dc.identifier.citationManokhin D. Intracranial hemorrhage segmentation using neural network and Riesz fractional order derivative-based texture enhancement / Denys Manokhin, Yaroslav Sokolovskyy // Computer Systems of Design. Theory and Practice. — Lviv : Lviv Politechnic Publishing House, 2024. — Vol 6. — No 1. — P. 1–16.
dc.identifier.citationenManokhin D. Intracranial hemorrhage segmentation using neural network and Riesz fractional order derivative-based texture enhancement / Denys Manokhin, Yaroslav Sokolovskyy // Computer Systems of Design. Theory and Practice. — Lviv : Lviv Politechnic Publishing House, 2024. — Vol 6. — No 1. — P. 1–16.
dc.identifier.doidoi.org/10.23939/cds2024.01.001
dc.identifier.urihttps://ena.lpnu.ua/handle/ntb/64101
dc.language.isoen
dc.publisherВидавництво Львівської політехніки
dc.publisherLviv Politechnic Publishing House
dc.relation.ispartofКомп’ютерні системи проектування. Теорія і практика, 1 (6), 2024
dc.relation.ispartofComputer Systems of Design. Theory and Practice, 1 (6), 2024
dc.relation.references[1] S. Chilamkurthy, R. Ghosh, S. Tanamala, M. Biviji, N. G. Campeau, V. K. Venugopal, V. Mahajan, P. Rao, P. Warier, Deep learning algorithms for detection of critical findings in head CT scans: a retrospective study. Lancet 01.12 (2018): 2388-2396. https://doi.org/10.1016/S0140-6736(18)31645-3
dc.relation.references[2] Radiological Society of North America, RSNA Intracranial Hemorrhage Detection, 2019. URL: https://www.kaggle.com/c/rsna-intracranial-hemorrhage-detection/overview.
dc.relation.references[3] M. D. Hssayeni, M.S. Croock, A. D. Salman, H. F. Al-khafaji, Z. A. Yahya, B. Ghoraani, Intracranial Hemorrhage Segmentation Using a Deep Convolutional Model, Data 5 (2020): 14-32. https://doi.org/10.3390/data5010014
dc.relation.references[4] M. D. Hssayeni, Computed Tomography Images for Intracranial Hemorrhage Detection and Segmentation, version 1.3.1, PhysioNet, 2020. doi: 10.13026/4nae-zg36.
dc.relation.references[5] A. Goldberger, L. Amaral, L. Glass, J. Hausdorff, P. C. Ivanov, R. Mark, J. E. Mietus, G. B. Moody, C. K. Peng, H. E. Stanley, PhysioBank, PhysioToolkit, and PhysioNet: Components of a new research resource for complex physiologic signals, 2000. URL: https://physionet.org. https://doi.org/10.1161/01.CIR.101.23.e215
dc.relation.references[6] O. Ronneberger, P. Fischer, T. Brox, U-net: convolutional networks for biomedical image segmentation, in: Proceedings of the International Conference on Medical image computing and computer-assisted intervention, Springer, Cham, 2015, pp. 234-241. doi: 10.1007/978-3-319-24574-4_28.
dc.relation.references[7] Q. Yu, F. Liu, I. Turner, K. Burrage, V. Vegh, The use of a Riesz fractional differential-based approach for texture enhancement in image processing, ANZIAM Journal 54 (2012): 590-607. https://doi.org/10.1007/978-3-319-24574-4_28
dc.relation.references[8] J. Hamid, I. Rabha, Texture Enhancement for Medical Images Based on Fractional Differential Masks, Discrete Dynamics in Nature and Society, 28.03 (2013). https://doi.org/10.1155/2013/618536
dc.relation.references[9] Y.-F. Pu, J.-L. Zhou, X. Yuan, Fractional Differential Mask: A Fractional Differential-Based Approach for Multiscale Texture Enhancement, IEEE Transactions on Image Processing 19 (2010): 491-511. https://doi.org/10.1109/TIP.2009.2035980
dc.relation.references[10] Ya. Sokolovskyy, M. Levkovych and I. Sokolovskyy, The study of heat transfer and stress-strain state of a material, taking into account its fractal structure. Mathematical Modeling and Computing. 7(2), 2020, pp. 400–409. https://doi.org/10.23939/mmc2020.02.400
dc.relation.references[11] Ya. Sokolovskyy, M. Levkovych, O. Mokrytska, and Ya. Kaplunskyy, Mathematical models of biophysical processes taking into account memory effects and self-similarity, CEUR Workshop Proceedings, 2018, vol. 2255, pp. 215–228.
dc.relation.references[12] F. Liu, P. Zhuang, V. Anh, I. Turner, and K. Burrage, Stability and convergence of the difference methods for the space–time fractional advection–diffusion equation, Applied Mathematics and Computation, vol. 191, issue 1 (2007): 12-20. https://doi.org/10.1016/j.amc.2006.08.162
dc.relation.references[13] M. Nadrljanski, A. Campos, R. Chieng, et al. Computed tomography. Reference article, Radiopaedia.org, 2024. https://doi.org/10.53347/rID-9027
dc.relation.references[14] K. Greenway, R. Sharma, D. Vargas Carvajal, et al. Hounsfield unit. Reference article, Radiopaedia.org, 2024. https://doi.org/10.53347/rID-38181
dc.relation.references[15] A. Paszke, S. Gross, S. Chintala, G. Chanan, E. Yang, Z. DeVito, Z. Lin, A. Desmaison, L. Antiga, A. Lerer, Automatic differentiation in PyTorch, in: Proceedings of the 31st Conference on Neural Information Processing Systems, NIPS 2017, Long Beach, CA, USA, 2017. URL: https://openreview.net/forum?id=BJJsrmfCZ.
dc.relation.references[16] PyTorch Contributors, PyTorch Documentation, 2023. URL: https://pytorch.org/docs/stable/index.html.
dc.relation.references[17] Christian S. Perone, cclauss, Elvis Saravia, Pedro Lemos Ballesterі, MohitTare, “perone/medicaltorch: Release v0.2”, Zenodo, 2018. doi: 10.5281/zenodo.1495335.
dc.relation.references[18] Colaboratory, Frequently Asked Questions, 2023. URL: https://research.google.com/colaboratory/faq.html.
dc.relation.references[19] NVIDIA Corporation & Affiliates, CUDA Toolkit Documentation 12.2, 2023. URL: https://docs.nvidia.com/cuda/archive/12.2.0/.
dc.relation.references[20] L. G. Shapiro, G. C. Stockman, Co-occurrence Matrices and Features, in: Computer Vision, 1st. ed., Pearson, 2001, pp. 240-243.
dc.relation.referencesen[1] S. Chilamkurthy, R. Ghosh, S. Tanamala, M. Biviji, N. G. Campeau, V. K. Venugopal, V. Mahajan, P. Rao, P. Warier, Deep learning algorithms for detection of critical findings in head CT scans: a retrospective study. Lancet 01.12 (2018): 2388-2396. https://doi.org/10.1016/S0140-6736(18)31645-3
dc.relation.referencesen[2] Radiological Society of North America, RSNA Intracranial Hemorrhage Detection, 2019. URL: https://www.kaggle.com/c/rsna-intracranial-hemorrhage-detection/overview.
dc.relation.referencesen[3] M. D. Hssayeni, M.S. Croock, A. D. Salman, H. F. Al-khafaji, Z. A. Yahya, B. Ghoraani, Intracranial Hemorrhage Segmentation Using a Deep Convolutional Model, Data 5 (2020): 14-32. https://doi.org/10.3390/data5010014
dc.relation.referencesen[4] M. D. Hssayeni, Computed Tomography Images for Intracranial Hemorrhage Detection and Segmentation, version 1.3.1, PhysioNet, 2020. doi: 10.13026/4nae-zg36.
dc.relation.referencesen[5] A. Goldberger, L. Amaral, L. Glass, J. Hausdorff, P. C. Ivanov, R. Mark, J. E. Mietus, G. B. Moody, C. K. Peng, H. E. Stanley, PhysioBank, PhysioToolkit, and PhysioNet: Components of a new research resource for complex physiologic signals, 2000. URL: https://physionet.org. https://doi.org/10.1161/01.CIR.101.23.e215
dc.relation.referencesen[6] O. Ronneberger, P. Fischer, T. Brox, U-net: convolutional networks for biomedical image segmentation, in: Proceedings of the International Conference on Medical image computing and computer-assisted intervention, Springer, Cham, 2015, pp. 234-241. doi: 10.1007/978-3-319-24574-4_28.
dc.relation.referencesen[7] Q. Yu, F. Liu, I. Turner, K. Burrage, V. Vegh, The use of a Riesz fractional differential-based approach for texture enhancement in image processing, ANZIAM Journal 54 (2012): 590-607. https://doi.org/10.1007/978-3-319-24574-4_28
dc.relation.referencesen[8] J. Hamid, I. Rabha, Texture Enhancement for Medical Images Based on Fractional Differential Masks, Discrete Dynamics in Nature and Society, 28.03 (2013). https://doi.org/10.1155/2013/618536
dc.relation.referencesen[9] Y.-F. Pu, J.-L. Zhou, X. Yuan, Fractional Differential Mask: A Fractional Differential-Based Approach for Multiscale Texture Enhancement, IEEE Transactions on Image Processing 19 (2010): 491-511. https://doi.org/10.1109/TIP.2009.2035980
dc.relation.referencesen[10] Ya. Sokolovskyy, M. Levkovych and I. Sokolovskyy, The study of heat transfer and stress-strain state of a material, taking into account its fractal structure. Mathematical Modeling and Computing. 7(2), 2020, pp. 400–409. https://doi.org/10.23939/mmc2020.02.400
dc.relation.referencesen[11] Ya. Sokolovskyy, M. Levkovych, O. Mokrytska, and Ya. Kaplunskyy, Mathematical models of biophysical processes taking into account memory effects and self-similarity, CEUR Workshop Proceedings, 2018, vol. 2255, pp. 215–228.
dc.relation.referencesen[12] F. Liu, P. Zhuang, V. Anh, I. Turner, and K. Burrage, Stability and convergence of the difference methods for the space–time fractional advection–diffusion equation, Applied Mathematics and Computation, vol. 191, issue 1 (2007): 12-20. https://doi.org/10.1016/j.amc.2006.08.162
dc.relation.referencesen[13] M. Nadrljanski, A. Campos, R. Chieng, et al. Computed tomography. Reference article, Radiopaedia.org, 2024. https://doi.org/10.53347/rID-9027
dc.relation.referencesen[14] K. Greenway, R. Sharma, D. Vargas Carvajal, et al. Hounsfield unit. Reference article, Radiopaedia.org, 2024. https://doi.org/10.53347/rID-38181
dc.relation.referencesen[15] A. Paszke, S. Gross, S. Chintala, G. Chanan, E. Yang, Z. DeVito, Z. Lin, A. Desmaison, L. Antiga, A. Lerer, Automatic differentiation in PyTorch, in: Proceedings of the 31st Conference on Neural Information Processing Systems, NIPS 2017, Long Beach, CA, USA, 2017. URL: https://openreview.net/forum?id=BJJsrmfCZ.
dc.relation.referencesen[16] PyTorch Contributors, PyTorch Documentation, 2023. URL: https://pytorch.org/docs/stable/index.html.
dc.relation.referencesen[17] Christian S. Perone, cclauss, Elvis Saravia, Pedro Lemos Ballesteri, MohitTare, "perone/medicaltorch: Release v0.2", Zenodo, 2018. doi: 10.5281/zenodo.1495335.
dc.relation.referencesen[18] Colaboratory, Frequently Asked Questions, 2023. URL: https://research.google.com/colaboratory/faq.html.
dc.relation.referencesen[19] NVIDIA Corporation & Affiliates, CUDA Toolkit Documentation 12.2, 2023. URL: https://docs.nvidia.com/cuda/archive/12.2.0/.
dc.relation.referencesen[20] L. G. Shapiro, G. C. Stockman, Co-occurrence Matrices and Features, in: Computer Vision, 1st. ed., Pearson, 2001, pp. 240-243.
dc.relation.urihttps://doi.org/10.1016/S0140-6736(18)31645-3
dc.relation.urihttps://www.kaggle.com/c/rsna-intracranial-hemorrhage-detection/overview
dc.relation.urihttps://doi.org/10.3390/data5010014
dc.relation.urihttps://physionet.org
dc.relation.urihttps://doi.org/10.1161/01.CIR.101.23.e215
dc.relation.urihttps://doi.org/10.1007/978-3-319-24574-4_28
dc.relation.urihttps://doi.org/10.1155/2013/618536
dc.relation.urihttps://doi.org/10.1109/TIP.2009.2035980
dc.relation.urihttps://doi.org/10.23939/mmc2020.02.400
dc.relation.urihttps://doi.org/10.1016/j.amc.2006.08.162
dc.relation.urihttps://doi.org/10.53347/rID-9027
dc.relation.urihttps://doi.org/10.53347/rID-38181
dc.relation.urihttps://openreview.net/forum?id=BJJsrmfCZ
dc.relation.urihttps://pytorch.org/docs/stable/index.html
dc.relation.urihttps://research.google.com/colaboratory/faq.html
dc.relation.urihttps://docs.nvidia.com/cuda/archive/12.2.0/
dc.rights.holder© Національний університет “Львівська політехніка”, 2024
dc.rights.holder© Manokhin D., Sokolovskyy Ya., 2024
dc.subjectпохідна дробового порядку
dc.subjectглибоке навчання
dc.subjectPython
dc.subjectструктура PyTorch
dc.subjectтехнологія CUDA
dc.subjectпокращення текстур
dc.subjectсегментація медичних зображень
dc.subjectfractional order derivative
dc.subjectdeep learning
dc.subjectPython
dc.subjectPyTorch framework
dc.subjectCUDA technology
dc.subjecttexture enhancement
dc.subjectmedical image segmentation
dc.titleIntracranial hemorrhage segmentation using neural network and Riesz fractional order derivative-based texture enhancement
dc.title.alternativeСегментація внутрішньочерепного крововиливу за допомогою нейронної мережі та покращення текстури на основі дробового оператора Ріса
dc.typeArticle

Files

Original bundle

Now showing 1 - 2 of 2
Loading...
Thumbnail Image
Name:
2024v6n1_Manokhin_D-Intracranial_hemorrhage_segmentation_1-16.pdf
Size:
1.36 MB
Format:
Adobe Portable Document Format
Loading...
Thumbnail Image
Name:
2024v6n1_Manokhin_D-Intracranial_hemorrhage_segmentation_1-16__COVER.png
Size:
463.18 KB
Format:
Portable Network Graphics

License bundle

Now showing 1 - 1 of 1
Loading...
Thumbnail Image
Name:
license.txt
Size:
1.83 KB
Format:
Plain Text
Description: